BioNinja Challenge’19 za nami

W dniach 4-6.10.2019 na Uniwersytecie Łódzkim odbył się BioNinja Challenge’19 – Hackathon Bioinformatyczny. Imprezy tego typu polegają na wytworzeniu rozwiązania IT określonego problemu przez ochotników, którzy na co dzień nie zajmują się tym tematem. BioNinja Challenge 2019 różni się tym od zwykłych Hackathonów tym, iż aby wygrać nie wystarcza tu jedynie wiedza z zakresu Informatyki potrzebna jest odpowiednia wiedza domenowa – biologia/genetyka. W brew pozorom jest to ważny element imprezy, chodzi o to aby zerwać ze stereotypami i przekonać informatyków oraz biologów, iż istnieje szansa na porozumienie między nimi. Wspólna rywalizacja w jednej grupie ludzi z różnych domen ma przyśpieszyć ten proces i udowodnić, iż na styku z pozoru odrębnych dziedzin nauki, powstają naprawdę niezwykłe pomysły czy rozwiązania a zawiązane w trakcie imprezy przyjaźnie mogą zaprocentować w przyszłości udanymi współpracami naukowymi.
 
W trakcie BioNinja Challenge 2019  przed uczestnikami postawione zostały następujące zadania:

  • Poszukiwanie peptydów o właściwościach bakteriobójczych jako alternatywa dla antybiotyków, na które niestety coraz więcej bakterii zyskuje odporność
  • Narzędziu informatycznym ułatwiającym pracę naukowcom – polegającym na optymalizowaniu doboru indeksów przy wykonywaniu Sekwencjonowania Nowej Generacji. Indeksy są to krótkie cząsteczki DNA o znanej sekwencji. Dołączamy je do każdej z badanych próbek aby w późniejszym czasie móc zidentyfikować należący do niej materiał genetyczny.
  • Analizy GWAS czyli w tym przypadku bazująca na danych genetycznych i fenotypowych należało wytworzyć model predykcyjny pozwalający na szacowanie ryzyka wystąpienia otyłości u badanej osoby.

Z zadaniami zmierzyło się około 30 osób z całej Polski oraz goście z Ukrainy. Aby wygrać należało rozwiązać jedno z nich. Na rozwiązanie problemu uczestnicy mieli 24 godziny. Na koniec musieli zaprezentować stworzone przez siebie rozwiązanie przed pozostałymi uczestnikami i jury.
 
Pierwsze miejsce zajęła drużyna „Grumpy Hackers” natomiast drugie grupa „Slavic”. Oba zespoły zbudowały i nauczyły modele sztucznej inteligencji poszukujące peptydów o właściwościach bakteriobójczych. Trzecie miejsce zajęli studenci Politechniki Wrocławskiej tworzący drużynę „Kömpilator” rozwiązując problem optymalnego doboru indeksów na potrzeby sekwencjonowania nowej generacji. W trakcie trwania imprezy udało im się wykonać i zaprezentować w pełni funkcjonalne aplikacje.
 
W ocenie organizatorów „Tegoroczna edycja stała na bardzo wysokim poziomie a zaproponowane zadania nie były trywialne i przysporzyły sporo problemów uczestnikom. Poradzili sobie jednak świetnie z wyzwaniami tworząc rozwiązania, które znajdą praktyczne zastosowanie w nauce”
 
Wszystkie opracowane rozwiązania zostały opublikowane w publicznym repozytorium na otwartej licencji dzięki czemu każda osoba na świecie będzie mogła z nich skorzystać.
 
Impreza jest organizowana przez Pracownie Biobank na Uniwersytecie Łódzkimi po raz drugi. W tej edycji odbyła się pod patronatem honorowym Pani Hanny Zdanowskiej Prezydent Miasta Łodzi, Pana Jarosława Gowina Wiceprezesa Rady Ministrów, Ministra Nauki i Szkolnicta Wyższego oraz Ministerstwa Cyfryzacji. W tym roku BioNinja Challenge włączony został w poczet imprez tworzących CodeWeekEU oraz Festiwal Cyfryzacji.